Tiroid ameliyatı her operasyonda olduğu gibi bazı genel ve özel riskler taşımaktadır. Bunların bir kısmı anesteziye bağlı olabileceği gibi, bir kısmı da ameliyata bağlı oluşabilen kanama, enfeksiyon gibi problemlerdir.
Ses degişiklikleri: Rekürrentlarengeal sinir (ses tellerinin hareketini sağlar) yaralanmasına bağlı kaba ses ve seste çabuk yorulma olabilir. Genellikle bu durum geçici olmakla birlikte, kalıcı olma ihtimali de vardır. Eğer iki sinirde yaralanırsa, ki bu çok daha nadirdir ve çok ciddi bir durumdur, trakeostomi (soluk borusuna bir delik açılması) gerekir.
Düşük kalsiyum seviyeleri: Bazen tiroide çok yakın olan paratiroid bezlerinin ameliyat sırasında olumsuz etkilenmesi ve fonksiyonlarının bozulması sonucu operasyon sonrası dönemde kan kalsiyumunda düşme olabilir. Bu durumda vücutta çeşitli bölgelerde uyuşma, karıncalanma ve kasılmalar meydana gelebilir. Bu durum genellikle geçicidir.